Летом 2000 года Craniotomy направляются в словацкую студию Exponent, чтобы записать свой первый демо-диск «...And From Flesh To Bone», содержащий 5 треков, который был позже выпущен как мини-диск на Akne Productions. После этого гитарист Pavol Ondriš оставляет группу, а на его место вскоре приходит Peter Szemenyei. Также в это же время в группу пришёл бас-гитарист Daniel Hanak. Летом 2001 года коллектив записывает второй восьмитрековый демо-диск в словацкой студии Exponent.
В 2002 году в словацкой студии Moonset были записаны ещё 3 трека и добавлены к предыдущей демо-записи. В итоге записи были выпущены фирмой Grodhaisn Productions как полноформатный альбом под названием «It's Not Cut Out - It Can't Be Eaten». После выхода диска гитарист Peter Szemenyei оставляет группу, но, несмотря на утраты в составе, Craniotomy играют много концертов в Словакии, Чешской Республике и Германии.
После некоторых технических проблем в конце декабря 2004 года снова в студии Moonset группа записывает альбом «Cut A Piece For Your Hunger» и в августе 2005-го выпускает его на Grodhaisn Productions. После выхода диска Craniotomy дают множество концертов и участвуют в европейских фестивалях с группами Suffocation, Nile, Vader, Vomit Remnants, Belphegor, Grave, Necrophagist, Disgorge, Disavowed и другими.
В начале 2008 года группа оставляет лейбл Grodhaisn Productions и в июле начинает запись третьего диска, озаглавленного «Catharsis.» Запись проходила снова в студии Moonset, но на сей раз с вокалистом WWR из распавшейся группы Bloodcase4, который заменяет за микрофонной стойкой Rastislav'а. Однако Váry присоединялся к группе во время гастролей, чтобы поддержать участников и поднять уровень их выступлений.
В мае 2011 года Craniotomy участвовали в совместном шоу в Братиславе в клубе Randal klub с Disgorge (Мексика), Natron, Sacramental Blood и Mortally Infected. В октябре 2012 года в рамках Metal Express Grind Fest в Братиславе Craniotomy сыграли на одной сцене с польской грайндкор-группой Epitome и словацкими Gazdzsgrind, Respite, Animality.
В июле того же года группа отправляется в чешскую студию звукозаписи Studio Shark для записи очередного полноформатного альбома «Supply Of Flesh Came Just In Time». К ноябрю запись была окончена, и 4 февраля 2013 года Amputated Vein Records выпускает диск в продажу. В июне этого же года Craniotomy выступили на фестивале Houten Deathfest совместно с Putridity (Италия), Coprophiliac (Италия), Tombthroat (Германия), Epicardiectomy (Чехия), Iniquitous Savagery (Великобритания).
С 13 по 16 августа 2014 года в Словакии проходил крупнейший в Европе фестиваль Gothoom Open Air Fest 2014, в котором принимали участие Craniotomy. Выступали Hypocrisy, Belphegor, Aborym, Gorguts, Fleshgod Apocalypse, Prostitute Disfigurement, Centurian, Kraanium, Azarath и ещё два десятка групп.
В 2017 году группа выпускает сборник ремастированных вещей «Old Poetry of Rotting Flesh».
В феврале 2022 года вышел последний на данный момент лонгплей группы «Ripped Out By Violence»